Harm et Mac au Paraguay à la poursuite de Sadik. Webb malgré ses blessures et Gunny se joignent à eux. Parallèlement, Harm et Mac essaient de faire le point sur leur relation.
Une jeune femme portée disparue lors de la guerre du golfe est découverte en Iraq, elle vivait avec une tribu bédouine. Elle est accusée de désertion. De son coté, Harm apprend qu'il ne peut pas revenir au JAG
Harm s'envole vers les Philippines pour y livrer une limousine et doit infiltrer un groupe paramilitaire. Mac se retrouve entrainée dans une affaire où Mikey Roberts doit témoigner contre un de ses camarades de chambrée dans une affaire qui met en cause le Code d'Honneur de l'Académie Navale
Mac est chargée de la défense d'un marine, qui en perdant sa radio aurait provoqué la mort de plusieurs marines de son unité. Sturgis mène l'accusation avec la rage d'un homme qui doit redorer son blason d'avocat. Pendant ce temps, Harm aux commandes d'un avion secret de la CIA, mène une mission de reconnaissance au dessus de la Corée du Nord.
Mac et Strugis sont à nouveau opposés dans une affaire impliquant un marin qui aurait projeté un attentat contre ses frères d'armes. Harm et Beth, aux commandes d'un C130, doivent évacuer la famille d'un agent lybien de la CIA, mais l'avion en danger doit se poser sur le Seahawk.
Ces deux histoires reposent sur des faits réels.
Harm est viré de la CIA suite à l'atterrisage médiatisé du C130 sur le Seahawk. Il trouve un job pour piloter des avions d'épandage. Pendant ce temps, Mac doit défendre Carolyn Imes, qui aurait truqué ses diplomes de droit.
Sturgis se rend à bord d'un sous marin dans la mer du Japon, où 10 sous mariniers coréens sont retenus, et on suspecte qu'ils sont porteurs du virus du SARS. Au JAG, Harm est enseveli sous de nombreux dossiers et rencontre un vétéran de 80 ans qui est accusé de vol.
Un pilote des marines se retrouve en court martial parce qu'il a ouvert le feu sur une prise d'otages civile malgré une loi fédérale qui restreint l'utilisation des froces militaires sur le sol américain. Pendant ce temps, Sturgis représente un médecin de la Navy dont les études ont été payées par la Navy et qui prétend maintenant qu'après être devenu Quaker il ne peut servir avec son unité qui est appelée en service actif en Irak.
Un caporal annonce sans l'avoir voulu à un journaliste qu'il a tiré une balle dans la tête d'un prisonnier irakien. Pendant un match de baseball qui oppose la Navy et l'Armée de terre, un des joueurs appartenant aux marines est touché à la tête par un lancer et le capitaine de l'équipe porte plainte contre le lanceur.
Harm et Mac enquetent sur la mort d'un marin, qui au départ ressemble à un accident, jusqu'à ce qu'ils apprennent qu'une histoire de jalousie amoureuse pourrait avoir joué un rôle. L'amiral demande à Coates de s'occuper de l'organisation de son mariage avec Meredith
Au moment des fêtes de fin d'année, Harm prépare son dossier pour demander au tribunal de devenir légalement le tuteur de Mattie, pendant que Sturgis rencontre une chanteuse de jazz qui va lui permettre de faire la paix avec lui même
Le diamant qui orne la bague de fiançailles est suspect, et AJ mène l'enquête. Pendant ce temps, Harm s'arrange avec Coates pour qu'elle partage un appartement avec Mattie dans le même immeuble que lui. Pendant qu'AJ cherche à résoudre ses problèmes de diamant, Meredith renoue avec un vieil ami.
Après l'accident d'un F18 sur un porte avions, Harm et Mac enquetent pour savoir s'il s'agit d'un suicide. Harm est conduit à piloter le même type d'appareil pour rechercher les causes de l'accident. A Washington, Mattie a des ennuis.
Et si la vie des membres du JAG avait pris un autre chemin, si Harm avait dit oui à Mac sur le ferry à Sydney, si Harriet avait refusé d'épouser Bud, si AJ n'était plus au JAG, si ...si ... si .... Un épisode "rêvé" vu par les yeux d'Harm
Le temps du départ a sonné pour l'amiral, qui prend sa retraite. Mattie renoue avec son père et Harm se prépare à la voir partir. Mac apprend des nouvelles inquiétantes sur sa santé, tout en faisant face à la mort de Webb. Mais Harm est là, et sera toujours là pour elle.
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